En el año 2003 la ANECA establece el Programa de Evaluación Institucional (PEI), produciéndose la derogación anticipada del II PCU.
La ACSUG , ante la existencia de una planificación de evaluación (2001-2006) realizada por las tres universidades gallegas dentro del II PCU, proponer continuar en Galicia con las evaluaciones previstas.
La coincidencia en cuanto a objetivos del PEI y del programa de evaluación acordado por la ACSUG hace necesario establecer mecanismos de colaboración entre ambas agencias. Así, en mayo de 2003 ambas instituciones firman un Convenio Marco con la voluntad de desarrollar una colaboración de forma continuada. Siguiendo esta línea, en julio del mismo año se firma el Anexo I al citado convenio con el objetivo de establecer una colaboración y coordinación en el desarrollo de la evaluación institucional de ambas agencias. Así, como establece la cláusula novena “las evaluaciones realizadas por la ACSUG , empleando las guías y herramientas puestas a su disposición por la ANECA , tendrán el mismo reconocimiento que las realizadas directamente por ANECA”.
En la primera anualidad del PEI, curso 2003-2004, se evaluaron en el SUG 26 titulaciones, 7 de ellas gestionadas directamente por ANECA (1 la UDC , 3 la USC y 3 l a UVI) y las 19 restantes gestionadas por la ACSUG. De estas últimas 12 corresponden a la UDC , 2 a la USC y 5 a la UVI. Además , 2 titulaciones de la USC y 4 de la UVI se presentaron al Programa de acreditación que, de forma experimental, llevó a cabo la ANECA.
A partir de la segunda anualidad del PEI, curso 2004-2005, todas las evaluaciones fueron gestionadas directamente por la ACSUG. Se evaluaron en esta anualidad 10 titulaciones, todas pertenecientes a la UVI.
En el curso 2005-2006, están en proceso de evaluación 11 titulaciones, 4 de la UDC (reevaluaciones), 1 de la USC y 6 de la UVI. Tras esta anualidad quedarán evaluadas prácticamente el 100 % de las titulaciones existentes en el SUG.