Tras a sinatura do convenio de colaboración subscrito en 2001 co Consello de Coordinación Universitaria, a Axencia para a Calidade do Sistema Universitario de Galicia encargouse de xestionar na súa totalidade o desenvolvemento do II Plan de Calidade das Universidades na nosa Comunidade, o que supuxo un importante esforzo tanto a nivel organizativo coma de xestión.
En total (entre as dúas anualidades do II PCU) avaliáronse 53 titulacións pertencentes ao Sistema Universitario de Galicia, das cales 23 pertencen á Universidade da Coruña, 19 á Universidade de Santiago de Compostela e 11 á Universidade de Vigo.
As ferramentas utilizadas foron postas a disposición polo anterior Consello de Coordinación Universitaria, que publicou no ano 2002 a "Guía de Avaliación da Titulación" e a "Guía de Avaliación Externa".